Команда майора Шеппарда, отправляясь на исследование других планет,
постоянно натыкается на засады Рейфов. Атлантийцы думают, что в городе
появился шпион. Основное подозрение падает на Атозианцев. У Тейлы
находят передатчик Рейфов, встроенный в амулет.
К шее майора Шеппарда присосался инопланетный жук, питающийся жизнью,
как и Рейфы. Экипаж джампера стремится быстрее вернуться на Атлантис,
чтобы помочь ему, но корабль застревает во Вратах. У МакКея есть только
38 минут, чтобы починить джампер, прежде чем Врата закроются.
Доктору Бекетту удается привить Родни МакКею ген Древних, и тот сразу
надевает на себя персональное защитное поле. Во время игры в прятки
мальчик-Атозианец заблудился в городе и случайно выпустил на свободу
древнее энергетическое существо, питающееся электричеством. Высасывая
энергию из генераторов, оно становится все больше и больше.
Деревня Атозианцев переживает нападение Рейфов. Многие жители забраны на
корабли-ульи. Вместе с ними и полковник Самнер. Оставшихся жителей
майор Шеппард перемещает на Атлантис, чем вызывает перегрузку щита и
систем обеспечения. Но вместо затопления город поднимается на
поверхность.
В Антарктиде найдены особые Звездные Врата, которые позволяют переместиться в далекую галактику Пегас, куда 10000 лет назад ушли Древние вместе со своим легендарным городом Атлантидой (Атлантисом). Однако экспедиция, отправившаяся туда, находит город пустым и погруженным под воду. МНТ истощены, энергии недостаточно ни на поддержание щита, ни на возвращение на Землю. Жители Атлантиса вынуждены искать новый дом в галактике Пегас.